Software und Tools
rhizoTrak
rhizoTrak ist ein Softwaretool zur komfortablen, manuellen Annotation von Wurzelbildern. Es ist insbesondere darauf ausgelegt, Zeitserien dieser Bilder, wie sie beispielsweise mit Hilfe der Minirhizotrontechnik aufgenommen werden, effizient handhaben und benutzerfreundlich annotieren zu können.
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PaCeQuant
PaCeQuant dient zur High-Throughput-Quantifizierung der Formmerkmale von Pflasterzellen, wie sie in der Epidermis von Blättern vorkommen.
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CytoskeletonAnalyzer2D
Das Tool dient zur Quantifizierung von strukturellen Ähnlichkeiten und Unterschieden im Cytoskelett, d.h. in der Organisation von Aktin- oder Mikrotubulistrukturen, von Zellen.
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MiToBo Cell Counter
Bei dem MTBCellCounter handelt es sich um ein Tool zum semi-automatischen Labeln und Zählen von kleinen, punkthaften Strukturen in (Mikroskop-)Bildern. Das Plugin baut auf dem populären ImageJ CellCounter Plugin von Kurt De Vos auf und erweitert dessen Funktionalität für eine verbesserte Usability und im Hinblick auf die Integration automatischer Segmentierungsalgorithmen.
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MiToBo
MiToBo ist unser Framework zur Entwicklung von Bildanalysemethoden im Kontext von ImageJ/Fiji. Es basiert auf Alida und bietet eine direkte Integration in ImageJ. Für Operatoren werden z.B. automatisch graphische Benutzeroberflächen und Kommandozeilentools generiert, die sich nahtlos in ImageJ und Fiji einfügen.
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Alida
Alida ist eine Java-Bibliothek, die die automatische Generierung von Nutzerinterfaces für Operatoren als kleinste Funktionseinheiten bietet. Zusammen mit dem graphischen Editor Grappa erlaubt sie eine Fokussierung auf die Entwicklung von Algorithmen und nimmt Entwicklern wiederkehrende, monotone Arbeiten, insbesondere die Erstellung von (graphischen) Benutzerschnittstellen, ab.
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